居抜きで売却できたとき、不動産会社に預けている保証金はすべて返ってくるのでしょうか？

賃貸借契約の際に預託した保証金の返金については、賃貸借契約の内容によって異なります。
よくあるケースとして、「解約時に償却○○％または○ヶ月」などと記載されている場合、その償却に相当する金額は返金されません。
居抜きの売却と賃貸借契約の解約は別のものですので、解約に関わる疑問などは事前に管理元の不動産会社に確認しておくと良いでしょう。